Combattre Omicron : comprendre son adversaire et se préparer activement

Pourquoi Omicron est-il si contagieux ?

Depuis son premier signalement en novembre 2021, la variante Omicron a rapidement envahi le monde grâce à sa capacité de transmission ultra-forte. En janvier 2022, il a remplacé le variant Delta et est devenu le variant dominant faisant rage dans le monde, devenant un nouveau point de départ pour l’épidémie.

En tant que cinquième variant préoccupant (VOC) annoncé par l'OMS après Alpha, Beta, Gamma et Delta, le variant Omicron présente des différences significatives dans les caractéristiques génomiques, biologiques et épidémiologiques par rapport aux variants précédents. Il a une capacité étonnante de propagation et une capacité d'évasion des super anticorps , ce qui est également une raison importante pour laquelle la plupart d'entre nous ne peuvent pas échapper à l'infection par Omicron.

1 Capacité de mutation étonnante

Comme nous le savons tous, le nouveau coronavirus est un virus à ARN, et les virus à ARN s’adaptent généralement à un environnement de vie en constante évolution avec un taux de mutation élevé . Combiné à ses fréquentes recombinaisons génétiques, le nouveau coronavirus a évolué en des milliers de variantes depuis le début de l’épidémie. On peut dire que la variante Omicron et ses sous-espèces sont « uniques en leur genre », et leurs avantages super évolutifs sont pleinement démontrés dans les caractéristiques génomiques, biologiques et épidémiologiques.

Comparé au génome Wuhan-Hu-1 du nouveau coronavirus initialement isolé en 2019, Omicron présente un grand nombre de mutations dans la protéine de pointe. Des études ont montré que la variante originale d'Omicron (BA.1) présentait 30 substitutions d'acides aminés, 3 délétions dans le cadre et 3 insertions d'acides aminés (ins214EPE) sur la protéine de pointe S, dépassant de loin les 6 substitutions d'acides aminés de la variante Delta. Parmi ces mutations, 15 sont localisées dans le domaine de liaison au récepteur (RBD) de la protéine Spike. Le RBD est la région où le virus se lie aux récepteurs des cellules hôtes et aux anticorps neutralisants, et a une grande importance biologique pour la transmission du virus et l'échappement immunitaire.

Figure 1 Régions de mutation de deux nouveaux variants du coronavirus (rouge) Gauche : Delta Droite : Omicron

Source de l'image : Consortium britannique de génomique COVID-19

Les mutations peuvent améliorer la capacité du virus à se lier aux récepteurs ou à s'échapper et à se lier aux anticorps neutralisants, obtenant ainsi un avantage évolutif.

Selon le modèle d’intelligence artificielle, l’affinité de la protéine S du variant Omicron pour la liaison au récepteur est 13 fois supérieure à celle de la souche originale et 2,8 fois supérieure à celle du variant Delta.

L'analyse structurelle de la protéine S montre que la capacité d'échappement améliorée des anticorps causée par la mutation tout en maintenant une forte capacité de liaison au récepteur est la base moléculaire permettant à Omicron de se propager rapidement dans le monde entier.

De plus, Omicron ne s'est pas développé à partir des VOC précédents, mais a évolué en parallèle dans l'obscurité et s'est répandu rapidement dans le monde entier dans une lignée divergente et diversifiée.

BA.1 BA.2 BA.3 BA.4 BA.5

Au 6 novembre 2022, l'analyse par l'OMS des séquences génétiques du coronavirus dans le monde a montré que le variant BA.5 domine le monde, avec un taux de prévalence de 72,1 %.

L’analyse évolutive systématique (figure 2) montre que le taux d’évolution et de mutation d’Omicron a largement dépassé celui de la souche d’origine. L'évolution et la mutation d'Omicron se poursuivent toujours, et de nouveaux mutants dominants continueront de les remplacer.

Figure 2 Arbre phylogénétique à échelle temporelle des génomes mondiaux du SRAS-CoV-2, produit par le logiciel Nextstrain

2. Capacité d'échappement des anticorps super forte

Outre sa capacité améliorée à se lier aux récepteurs, une autre raison importante pour laquelle Omicron a une capacité de transmission extrêmement forte est sa capacité à échapper aux barrières immunitaires établies par les vaccins et les infections antérieures.

Des études ont montré que la protection offerte par les antécédents d’infection par d’autres variants contre Omicron est relativement limitée. La protection conférée par les antécédents d'infection contre les variants Alpha, Beta et Delta est respectivement de 90,2 %, 85,7 % et 92,0 %, tandis que contre le variant Omicron, elle n'est que de 56,0 %.

Cela est dû au fait que le nouveau vaccin contre le coronavirus que nous utilisons actuellement cible principalement la protéine S, qui a une structure en corolle et se lie aux cellules hôtes sous la forme d’un trimère. Chaque trimère possède un domaine de liaison au récepteur, comme une petite « main » ouverte, saisissant l’enzyme de conversion de l’angiotensine 2 (ACE2) humaine et ancrant le virus aux cellules hôtes.

En mars 2022, une étude publiée dans Molecular Cell a révélé que des mutations provoquaient une modification de la forme en « main » de la protéine de pointe d'Omicron. La « main » n’était plus ouverte, mais liée au récepteur dans une posture « recroquevillée », cachant la zone reconnue par les anticorps. Comme mentionné précédemment, le grand nombre de mutations dans la protéine S d'Omicron rend une partie de la protéine S méconnaissable par les anticorps, ce qui confère à Omicron une forte capacité à échapper à l'immunité humorale.

Cependant, la mémoire immunitaire cellulaire établie par le vaccin est toujours capable de répondre à Omicron, jouant un rôle important dans la réduction des maladies graves et des décès . De plus, de plus en plus de données suggèrent que la vaccination de rappel est importante pour réduire davantage la gravité et la mortalité associées à l’infection à Omicron .

Les données de Hong Kong, en Chine, montrent que même si le vaccin inactivé largement utilisé dans mon pays offre une protection inférieure à celle du vaccin à ARNm pour les personnes à haut risque de plus de 60 ans après deux doses, après trois doses, l'efficacité globale des deux vaccins pour prévenir les maladies graves ou les décès peut atteindre plus de 97 %.

Par conséquent, bien que la puissante capacité d’évasion immunitaire d’Omicron puisse briser les barrières immunitaires établies par les infections et les vaccins précédents, la mémoire immunitaire cellulaire établie par le vaccin peut toujours répondre à Omicron et sera renforcée par une immunité renforcée. Par conséquent, la promotion vigoureuse d’une immunité renforcée pour les groupes à haut risque jouera un rôle important dans le contrôle de la gravité et de la mortalité causées par Omicron.

Existe-t-il des séquelles liées à l’infection par le variant Omicron ?

Face à la température corporelle qui monte en flèche, à l'enrouement du « Baojuan » et aux troupeaux de « moutons », les gens ne peuvent s'empêcher de s'inquiéter de savoir s'ils souffriront de « nouvelles séquelles coronaires ».

Alors, qu’est-ce que les « séquelles post-COVID » ?

L'OMS appelle les symptômes qui apparaissent trois mois après l'infection par le nouveau coronavirus, durent au moins deux mois et ne peuvent être expliqués par d'autres diagnostics « symptômes post-COVID-19 » ou « séquelles du COVID-19 ».

Parmi les séquelles associées à l’infection par la souche d’origine et d’autres COV, les plus courantes étaient la fatigue, la douleur ou l’inconfort, l’essoufflement, les troubles cognitifs et les problèmes de santé mentale.

Une étude récente publiée dans JAMA divise les séquelles du COVID-19 en trois groupes de symptômes :

1 Fatigue persistante accompagnée de douleurs corporelles (douleurs musculaires) ou de sautes d’humeur ;

2 Problèmes cognitifs (oubli ou difficulté de concentration, c’est-à-dire brouillard cérébral) ;

③Problèmes respiratoires persistants (principalement essoufflement et toux persistante).

L'analyse des données de suivi de 1,2 million de patients confirmés atteints de COVID-19 par l'étude a montré que seulement 6,2 % présentaient encore au moins un symptôme de séquelle trois mois après l'infection symptomatique.

De plus, la gravité de l’infection est étroitement liée à la survenue de séquelles. Les proportions de patients en USI, de patients hospitalisés et de patients non hospitalisés qui présentaient encore des séquelles trois mois après l’infection étaient respectivement de 43,1 %, 27,5 % et 5,7 %.

Quant aux séquelles associées à l’infection à Omicron, étant donné qu’elles nécessitent une longue période d’observation, il n’existe actuellement que des preuves partielles que l’incidence des séquelles associées à l’infection à Omicron est inférieure à celle de Delta. Par exemple, une étude récemment publiée par Lancet a comparé 56 003 cas d’infection à Omicron pendant l’épidémie et 41 361 cas d’infection à Delta pendant l’épidémie et a constaté que 10,8 % des infections à Delta ont développé des séquelles, tandis que la proportion de séquelles d’infection à Omicron était de 4,5 %. Par rapport à Delta, l’incidence des séquelles dans Omicron a été réduite de 24 % à 50 %.

Par conséquent, les recherches existantes suggèrent seulement que l’apparition de séquelles du COVID-19 est fortement corrélée à la gravité de l’infection, et que les personnes infectées asymptomatiques souffriront rarement de séquelles. Les résultats des observations à long terme doivent encore être étudiés plus en détail.

Est-ce que ça pourrait être la grippe si ce n'est pas positif ?

Comment voyez-vous l’infection à Omicron et la grippe saisonnière ?

Peut-être avez-vous également ressenti une forte fièvre, de la toux, des maux de gorge et de la fatigue , mais les résultats des autotests répétés pour les antigènes sont toujours « négatifs », et vous ne pouvez pas vous empêcher de vous inquiéter : pourrait-il s'agir de la grippe saisonnière ?

En effet, non seulement la capacité de transmission extrêmement forte d’Omicron et son taux de mortalité significativement plus faible ressemblent de plus en plus à la grippe saisonnière que le public connaît, mais le site d’invasion d’Omicron s’est également déplacé des voies respiratoires inférieures vers les voies respiratoires supérieures par rapport aux variantes précédentes, de sorte que ses symptômes liés à l’infection sont également similaires à ceux du virus de la grippe.

La plupart des patients jeunes et d’âge moyen qui ont été vaccinés et qui ne souffrent d’aucune maladie sous-jacente présenteront généralement des symptômes de gorge sèche et de fatigue le premier jour après avoir été infectés par le variant Omicron ; ils commenceront à avoir de la fièvre et les symptômes du mal de gorge s'aggraveront le deuxième jour ; des symptômes de forte fièvre apparaîtront le troisième jour et le mal de gorge s'aggravera, puis les symptômes seront très similaires à ceux de la grippe, et généralement les symptômes seront considérablement soulagés le cinquième ou le sixième jour .

En termes de gravité de la maladie, les données épidémiologiques de la grippe saisonnière ont été utilisées pour comparer avec l’épidémie de COVID-19 dès le début de l’épidémie. Des études ont montré que le taux de mortalité causé par l’infection par la souche originale au début de l’épidémie était plus élevé que celui causé par le virus de la grippe. Lors de l’épidémie d’Omicron, les chercheurs ont utilisé la modélisation mathématique pour montrer qu’Omicron avait un taux de mortalité inférieur à celui de la grippe saisonnière et de la grippe H1N1 de 2009.

En fait, comme la grippe n’est pas dépistée à grande échelle comme la COVID-19, il est très difficile de comparer scientifiquement et systématiquement les taux de mortalité des deux. Cependant, combinée aux données épidémiques de divers pays, une comparaison approximative montre que la gravité et les taux de mortalité liés à l'infection à Omicron sont tombés à un niveau similaire à celui de la grippe saisonnière, mais sa capacité de transmission dépasse de loin celle de la grippe saisonnière. Le nombre de décès causés par l’infection à Omicron (en particulier chez les personnes âgées) ne peut être sous-estimé.

Plus important encore, avec l’assouplissement des politiques de prévention des épidémies, nous serons confrontés à une double épidémie d’Omicron et de grippe à l’avenir, ce qui constituera une menace majeure pour les groupes à haut risque.

Par conséquent, face à l'épidémie actuelle d'Omicron, qui présente un faible taux de mortalité et un taux d'infection élevé, peu importe que vous ayez été testé positif ou non, ne vous inquiétez pas trop, et encore moins n'ayez pas « peur du positif » ou « l'illusion du positif ». La clé est de le traiter correctement et correctement et d’atténuer les symptômes actuels. En particulier pour les groupes spéciaux tels que les personnes âgées et les personnes faibles, ils devraient être plus vigilants, se faire vacciner activement et intervenir raisonnablement pour éviter la double épidémie d'Omicron et de grippe .

Derniers mots

La nouvelle pandémie de coronavirus est sur le point d’entrer dans sa quatrième année. De la souche primitive initiale au VOC de cinquième génération qui envahit désormais le monde, Omicron a subi des changements importants dans son génome et ses caractéristiques biologiques. La capacité de transmission extrêmement forte s’accompagne d’une diminution de la pathogénicité du virus lui-même. Combinée à la barrière immunitaire de la population établie par les infections et les vaccins précédents, par rapport à d'autres souches mutantes, l'épidémie d'Omicron a montré les caractéristiques d'une forte transmission, d'une maladie grave et d'une faible mortalité, ouvrant un nouveau point de départ pour la nouvelle pandémie de coronavirus. La compréhension et la réponse de la société humaine à la nouvelle pandémie de coronavirus devraient également entrer dans une nouvelle étape.

La forte capacité d’Omicron à se propager et à échapper au système immunitaire signifie que les infections antérieures et les vaccins ont une capacité très limitée à prévenir les infections répétées. Pour la Chine, alors que l’Omicron continue de briser les barrières de la prévention des épidémies et que l’épuisement des ressources de prévention des épidémies continue d’augmenter, la question n’est plus de savoir s’il peut coexister avec le virus. La question est de savoir quand coexister avec le virus au moindre coût.

Contrairement à d’autres pays du monde qui se sont successivement « couchés », la Chine a des conditions nationales particulières. Au début de l'épidémie, les politiques de prévention de la Chine ont protégé dans une large mesure les moyens de subsistance et l'économie de la population, mais dans une certaine mesure, cela a également conduit à l'absence d'une barrière immunitaire mixte au sein de la population établie en raison d'infections et de vaccins antérieurs. Bien sûr, c’est aussi quelque chose pour lequel d’autres pays ont payé un prix énorme.

Face à Omicron, la protection apportée par le vaccin est limitée. Actuellement, la proportion de groupes à haut risque en Chine ayant bénéficié d’une vaccination renforcée est faible. Bien que le taux de mortalité causé par l'infection à Omicron ait été considérablement réduit, la capacité de transmission extrêmement forte d'Omicron signifie que nous ne devons pas sous-estimer le nombre de décès après la coexistence et l'urgence médicale à laquelle nous pourrions être confrontés après la coexistence. Omicron est également en constante évolution, et personne ne connaît les tendances épidémiques futures et l’impact des variantes dominantes sur les humains et la société. La manière dont la Chine ajuste ses politiques de prévention des épidémies pour parvenir à un « atterrissage en douceur » constitue un test.

Actuellement, le plus important est d’augmenter le taux de vaccination de rappel parmi les groupes à haut risque, principalement les personnes âgées. La vaccination de rappel joue un rôle important dans la prévention des maladies graves et des décès causés par l’infection à Omicron. Un article a estimé, grâce à la modélisation, que si la vaccination de rappel était menée à bien pour toutes les personnes de plus de 60 ans, le taux de mortalité en Chine serait réduit de 61 %. Cependant, le taux actuel de vaccination de rappel pour les personnes de plus de 60 ans en Chine continentale est de 69 %, et le taux de vaccination de rappel pour les personnes de plus de 80 ans n'est que de 40 %. L’amélioration du niveau d’immunité des groupes à haut risque est la condition première d’un assouplissement progressif.

Deuxièmement, la vaccination hétérologue avec différents types de vaccins et la quatrième dose de vaccination sont encouragées. En outre, nous devons nous préparer à d’éventuelles crises médicales, redoubler d’efforts pour vulgariser la science et dissiper la panique du public, et réduire les traitements médicaux aveugles qui gaspillent les ressources médicales. Dans le même temps, les hôpitaux devraient renforcer le diagnostic et le traitement à plusieurs niveaux pour garantir que les maladies graves et critiques soient traitées rapidement et utiliser des médicaments antiviraux à petites molécules en temps opportun dès les premiers stades pour les patients à haut risque atteints d’infection afin de réduire la possibilité de progression de la maladie.

En résumé, la pandémie d'Omicron de 2022 a ouvert un nouveau point de départ pour l'épidémie de COVID-19, et la prévention et le contrôle de l'épidémie dans mon pays sont confrontés à de nouvelles situations et à de nouvelles tâches. En promouvant vigoureusement la vaccination des groupes à haut risque, nous allons progressivement assouplir la prévention et le contrôle des épidémies, prévenir l'urgence médicale, protéger les groupes à haut risque et ajuster progressivement la stratégie de prévention des épidémies pour mettre l'accent sur la prévention et le contrôle des maladies graves et des décès. Parallèlement, nous continuerons à suivre la surveillance épidémiologique pour nous préparer à d’éventuelles nouvelles souches mutantes.

▌Le thème de vulgarisation scientifique de cet article provient de l'article de synthèse « Nouveaux défis de la pandémie de COVID-19 : caractéristiques des variants d'Omicron et nouvelle étape de la prévention scientifique des épidémies » paru dans le « Journal du Peking Union Medical College »

Auteur original : Li Yi, Xu Yingchun

Rédacteurs : Liu Yang et Zhao Na

Relu par Li Na, Li Yule et Dong Zhe

Producteur : Wu Wenming

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