Champignons pathogènes : des bactéries super résistantes qui menacent le monde

Dans la lutte contre l'épidémie, nos adversaires ne sont pas seulement le nouveau coronavirus, mais aussi d'autres micro-organismes pathogènes, qui peuvent également ajouter de l'huile sur le feu, provoquer des co-infections et augmenter la difficulté de l'ensemble du processus de traitement. Les champignons pathogènes constituent un groupe important d’entre eux.

En fait, ce n’est pas la première fois que des champignons pathogènes apparaissent sur la scène historique. Dans la longue guerre de l’humanité contre les virus, ils représentent une menace énorme pour la santé humaine. Le 6 avril 2019, le New York Times a fait état d'un champignon appelé Candida auris sous le titre « Champignon mortel sans remède ». Ce champignon peut tuer environ la moitié des personnes infectées en 90 jours, avec un taux de mortalité final de 60 %, et il n’existe toujours pas de médicament spécifique pour le combattre.

Le plus déroutant est que ce champignon est apparu au même moment dans toutes les parties du monde comme s'ils avaient « prévu de le faire », et il n'a fallu que dix ans pour qu'il passe du statut d'inconnu à celui de ravageur mondial...

Candida auris peut provoquer une candidose invasive, telle qu'une septicémie candidosique, une péricardite, une infection des voies urinaires et une pneumonie. En raison de sa résistance à plusieurs médicaments, de son taux de mortalité élevé et de la difficulté à diagnostiquer l’infection, Candida auris est appelé un « super champignon ». Actuellement, les Centres américains pour le contrôle et la prévention des maladies ont classé Candida auris comme une « menace urgente ».

Champignons dans une boîte de Pétri (Crédit image : Beobachter)

Candida auris a été découvert pour la première fois en 2009 au Centre médical métropolitain de santé et de longévité de Tokyo au Japon. À cette époque, le personnel médical a prélevé cette espèce de Candida jusque-là non répertoriée dans le conduit auditif d'une Japonaise de 70 ans. Ce qui a réellement attiré l'attention du public sur Candida auris, c'est une épidémie d'infection à l'hôpital Royal Brompton au Royaume-Uni en 2016. À cette époque, il y avait 72 cas d'infection à l'hôpital et l'unité de soins intensifs a été fermée pendant deux semaines. Parce que l’hôpital a sous-estimé la gravité de la situation au début, il n’a pas immédiatement révélé la situation au public. Cependant, il a été révélé plus tard que l'hôpital avait déjà émis une alerte interne et tenté de stériliser la zone où l'épidémie s'est produite plusieurs mois avant que les médias n'interviennent dans la couverture à grande échelle.

Depuis lors, des cas graves d’infection à Candida auris ont éclaté dans de nombreux pays, parmi lesquels le plus tragique a été l’incident d’infection à grande échelle survenu à l’hôpital universitaire de Valence en Espagne. Le grand hôpital de 992 lits a enregistré à l'époque un total de 372 cas d'infection, dont 85 ont développé une bactériémie à candida et 41 % sont décédés dans les 30 jours.

Actuellement, ce qui intrigue le plus les chercheurs est l’origine mystérieuse de ce champignon et la façon dont il s’est propagé dans le monde.

Étant donné que les premiers cas ont été signalés en Asie, les scientifiques ont d’abord émis l’hypothèse que la souche apparue en Asie avait déclenché l’épidémie dans d’autres parties du monde. Cependant, après avoir comparé les informations génétiques des souches collectées en Asie du Sud, au Venezuela, en Afrique du Sud et au Japon, les chercheurs ont été surpris de constater qu’elles appartenaient à quatre branches indépendantes et qu’il n’y avait aucune relation d’hérédité entre elles.

D'autres comparaisons génétiques ont montré que les quatre branches se sont séparées du même ancêtre il y a des milliers d'années et ont existé sous forme de colonies inoffensives dans l'environnement du monde entier jusqu'à ce que des souches résistantes commencent à apparaître simultanément vers 2009. En d'autres termes, le Candida auris qui est répandu dans le monde entier est apparu à différents endroits presque au même moment, plusieurs souches ont évolué indépendamment à différents endroits, et la possibilité d'une transmission parallèle entre elles est très faible. Quelle est exactement la raison qui les fait apparaître ensemble comme s’ils avaient « planifié ensemble » de nuire au monde ?

Malheureusement, la cause exacte reste encore inconnue... En prenant comme référence la situation des bactéries résistantes aux médicaments, les chercheurs ont d'abord naturellement cru que l'utilisation excessive de médicaments antifongiques dans le traitement clinique était la principale cause de la résistance fongique. Cependant, bien qu'il n'existe pas beaucoup de types de médicaments pour traiter cliniquement les infections fongiques, l'incidence des infections fongiques mortelles est en fait très faible, et les scénarios d'application et les problèmes de résistance aux médicaments antifongiques ne sont pas aussi courants que ceux des bactéries.

Alors, si l’abus de médicaments antifongiques n’est pas à blâmer, à qui incombe la responsabilité ? La réponse exacte est difficile à connaître, mais les pesticides utilisés pour tuer les champignons sur les plantes sont probablement la véritable raison.

Les champignons peuvent non seulement mettre en danger la santé animale, mais également la croissance normale des plantes. Par conséquent, lors de la culture de nombreuses cultures, il est nécessaire de tuer régulièrement les champignons pathogènes présents dans le sol. Contrairement aux nombreux types d’antibiotiques, il n’existe que quelques types de médicaments pour lutter contre les infections fongiques, et la plupart d’entre eux sont des composés azolés. Les pesticides qui tuent les champignons végétaux contiennent également des structures similaires aux composés azolés, ce qui signifie que les champignons présents dans l’environnement naturel sont susceptibles de développer des mutations résistantes aux médicaments sous l’action des pesticides. Une fois qu’ils infectent le corps humain, les médicaments antifongiques dont la structure est similaire à celle des pesticides ne pourront plus agir.

À l’avenir, en plus d’explorer davantage la relation entre la résistance fongique et les antibiotiques et les pesticides, il est également urgent de développer de nouveaux médicaments antifongiques dotés de mécanismes antibactériens différents. Cependant, comme les champignons et les cellules humaines sont tous deux des cellules eucaryotes et qu’il existe de nombreuses connexions entre les deux, les médicaments qui tuent les cellules fongiques nuisent souvent également aux cellules humaines normales. Actuellement, les humains ne peuvent concevoir des médicaments antifongiques qu’en se basant sur quelques différences limitées entre les cellules humaines normales et les cellules fongiques. Malheureusement, la plupart de ces médicaments ne sont plus efficaces contre les souches résistantes.

Cependant, de nombreux chercheurs ont suggéré que les humains peuvent encore trouver l’inspiration dans les pesticides antifongiques. Cela est dû au fait qu’il existe encore plusieurs types de pesticides capables de maintenir une faible toxicité humaine tout en tuant efficacement les champignons, et qu’un nombre considérable de ces pesticides sont encore dans un état où le mécanisme bactéricide n’a pas été entièrement compris. Il est raisonnable de chercher l’inspiration pour la conception de médicaments à partir de ces pesticides antifongiques.

Champignons, bactéries et virus, difficile de les différencier

Tout d’abord, en termes de structure, les virus sont les plus simples, suivis des bactéries, et les champignons sont plus complexes que les bactéries.

Si les virus sont des chariots à plateau propulsés par l’homme, alors les bactéries sont au moins des tricycles électriques et les champignons sont probablement des voitures bas de gamme.

Deuxièmement, tous trois peuvent provoquer des maladies chez l’homme, mais nécessitent des approches de traitement différentes. La plupart des antibiotiques ne sont utilisés que pour traiter les infections bactériennes. Les maladies virales doivent être traitées avec des médicaments antiviraux, et les infections fongiques ont également des médicaments antifongiques correspondants.

Enfin, bien que tous trois aient de nombreux ennemis majeurs qui mettent en danger la santé humaine, tous trois ont également des alliés indispensables à la vie humaine. De nombreux champignons sont indispensables dans les industries brassicoles et de fermentation. De nombreuses bactéries jouent un rôle important dans la digestion humaine et la circulation des matières de la biosphère. Il existe également des bactériophages parmi les virus qui peuvent aider les humains à tuer les bactéries ou à synthétiser des protéines.