Le variant Delta du nouveau coronavirus riposte avec force. La prévention doit s’inspirer des données réelles sur les vaccins

Une troisième dose de rappel du vaccin est-elle nécessaire ? Qui devrait être battu ? Quel est le meilleur moment pour se battre ? Les politiques d’isolement social doivent-elles être renforcées ou assouplies ? ...Une observation et une analyse approfondies des données épidémiologiques de l’épidémie de COVID-19 dans d’autres pays et régions nous aideront à prendre des décisions appropriées en matière de prévention de l’épidémie.

Écrit par | Shi Jun

Bien qu'Israël soit en tête du monde en termes de taux de vaccination contre la COVID-19 (plus de 80 % des adultes ont été vaccinés), l'épidémie en Israël semble réapparaître ces derniers temps, avec une forte augmentation des cas de la variante Delta du nouveau coronavirus. Selon un rapport de l’Université hébraïque de Jérusalem, en Israël, 90 % des nouveaux cas de plus de 15 ans concernaient des personnes entièrement vaccinées. Le 23 juillet, les médias israéliens ont rapporté que le vaccin Pfizer n’était efficace qu’à 39 % pour prévenir la propagation du variant Delta, mais qu’il pouvait néanmoins prévenir les maladies graves.

Dans le même temps, on observe une augmentation des cas de COVID-19 aux États-Unis et, de même, une part importante des cas confirmés sont des personnes ayant terminé la vaccination, souvent appelées cas révolutionnaires. Au 17 juillet, le Massachusetts comptait 5 166 cas de COVID-19. Parmi elles, 272 personnes ont été hospitalisées et ont survécu ; 80 personnes sont décédées, dont 23 sans avoir été hospitalisées ; et 57 personnes sont décédées après avoir été hospitalisées. Il y a 4 344 836 résidents du Massachusetts entièrement vaccinés, soit 63 % de tous les résidents.

De nombreux médecins estiment que la principale raison de la récurrence de l’épidémie est que le variant Delta est deux fois plus contagieux que la souche originale.

Figure 1 : Rapports d'actualité faisant état d'une augmentation du nombre de nouvelles infections dans le Massachusetts, aux États-Unis[1]

Personnellement, je pense qu’il peut y avoir quatre raisons à cette vague d’épidémies répétées :

La souche variante est plus contagieuse.

L’efficacité du vaccin diminue avec le temps.

Les vaccins sont moins efficaces contre les variants.

Les personnes vaccinées sont plus susceptibles d’être négligentes et de ne pas prêter attention à la protection de base.

Outre le variant Delta, quels autres variants méritent d’être préoccupants ?

Début février de cette année, j'ai passé en revue les nouveaux variants du coronavirus qui étaient apparus à cette époque (voir « Un examen complet des nouveaux variants du coronavirus : la mutation va continuer, où ira l'humanité ? | 117 Trois personnes »). Depuis lors, plusieurs nouvelles variantes sont apparues. Le 31 mai, l’Organisation mondiale de la santé a adopté un nouveau système pour nommer les nouveaux variants du coronavirus.

Avant le changement de nom, ces variantes portaient les noms lettre+chiffre couramment utilisés dans la communauté scientifique et étaient souvent désignées par le pays/la région où elles avaient été découvertes pour la première fois. Par exemple, le B.1.1.7, découvert pour la première fois au Royaume-Uni, est souvent appelé « variant britannique », tandis que le B.1.351 est appelé « variant sud-africain » et le plus récent B.1.617.2 est appelé « variant indien ».

Le nouveau système de dénomination utilise des lettres grecques au lieu des noms de pays couramment utilisés par le public, ni le modèle « lettre + chiffre » couramment utilisé dans la communauté scientifique. Cela permettrait d’éviter de stigmatiser ces pays. De plus, les lettres grecques sont plus faciles à prononcer et adaptées aux discussions avec le grand public, évitant ainsi l'inconvénient des « lettres + chiffres » difficiles à retenir. En attendant, les scientifiques continueront d’utiliser le système de dénomination « lettre + chiffre ».

Il n’est pas inutile d’avoir un système de dénomination pour éviter la stigmatisation.

Après la découverte du variant Delta en Inde et sa propagation rapide dans de nombreux pays du monde, le gouvernement indien a demandé aux plateformes de médias sociaux de supprimer le contenu lié au « variant indien ». L’OMS craint que si l’ancienne méthode de dénomination est maintenue, les pays pourraient être réticents à signaler de nouveaux variants de peur que ceux-ci doivent être nommés d’après leur propre pays.

La cruelle vérité est la suivante : tant que le nombre de nouveaux cas de COVID-19 ne sera pas ramené à zéro, de nouveaux variants apparaîtront.

Lorsque de nouveaux variants apparaissent, les scientifiques travailleront dur pour comprendre leurs caractéristiques, telles que :

Est-ce plus facile à propager ?

Cela entraînera-t-il une maladie plus grave ?

Les méthodes de test de virus actuellement disponibles peuvent-elles le détecter ?

Comment réagissez-vous aux médicaments actuels contre la COVID-19 ?

De plus, les vaccins actuellement approuvés ont-ils affaibli leur capacité à prévenir les maladies ?

Des études ont montré que jusqu’à présent, le coronavirus présente plusieurs mutations dans sa protéine de pointe qui sont particulièrement gênantes. Les cas causés par des variants du coronavirus présentant ces mutations peuvent rendre les thérapies spécifiques par anticorps monoclonaux moins efficaces. Ces mutations comprennent :

Mutation L452R. On le retrouve sous plusieurs variantes.

Mutation E484K. On le retrouve sous plusieurs variantes.

Combinaison des mutations K417N, E484K et N501Y. Présent dans la variante Beta (B.1.351).

Combinaison des mutations K417T, E484K et N501Y. Variante gamma (P.1).

Les caractéristiques de plusieurs nouveaux variants majeurs du coronavirus peuvent être résumées dans le tableau suivant :

*L’article cité n’a pas été évalué par des pairs.

Nous entendons souvent dire que le variant Delta est plus contagieux, mais en quoi le variant Delta est-il différent du nouveau coronavirus original ? Une nouvelle étude récente a analysé plus en détail cette variante[23].

Il existe plusieurs raisons possibles pour lesquelles un virus devient plus contagieux :

D'autres chutes se détachent de l'hôte.

La période infectieuse est prolongée, ce qui donne au virus plus de temps pour se détacher du corps de l’hôte et infecter d’autres personnes.

L'infectiosité augmente et le virus peut mieux infecter les cellules hôtes et mieux se lier aux récepteurs à la surface cellulaire.

La stabilité dans l'environnement est augmentée, plus résistante à l'humidité et à la chaleur, etc.

Les chercheurs ont étudié la première infection par le variant Delta transmis localement en Chine continentale, et les 167 cas collectés ont pu être retracés jusqu'à la même source. L’analyse des données épidémiologiques montre que :

Après avoir été exposées au virus, les personnes infectées par le variant Delta ont été testées positives plus rapidement, ce qui suggère que le variant Delta se développe plus rapidement dans le corps ;

Les personnes infectées par le variant Delta avaient une charge virale 1 000 fois supérieure à celle des personnes infectées par la souche originale de 2020 lors du premier test.

Cela montre que la période d’incubation du variant Delta est plus courte que celle de la souche initiale et que les personnes infectées excrètent (propagent) 1 000 fois plus de virus que par le passé, ce qui augmente considérablement le risque d’infection pour les contacts étroits. Dans le même temps, la période d’incubation raccourcie signifie également que les personnes infectées par le variant Delta peuvent devenir contagieuses plus rapidement et avoir plus de possibilités d’infecter d’autres personnes. En d’autres termes, le virus se propage plus efficacement.

En retraçant le chemin de transmission du virus et en effectuant une analyse phylogénétique, l'étude a également révélé que parmi ces 167 cas, le variant Delta était transmis par contact direct et par transmission indirecte, cette dernière étant très probablement transmise par des aérosols plutôt que par des polluants. En d’autres termes, la principale voie de transmission du variant Delta reste le contact direct et la transmission indirecte par aérosols, plutôt que la rumeur populaire selon laquelle il est « plus facile à propager par l’air ».

Figure 2. La ligne continue indique une transmission par contact direct très fiable, et la ligne pointillée indique une possible transmission indirecte[23]. (Cliquez pour agrandir)

Il existe donc deux raisons principales expliquant l’augmentation du taux de transmission du variant Delta : une plus grande quantité de virus et une vitesse de transmission plus rapide. Mais le mode de transmission n’a pas changé.

L’efficacité des vaccins existants contre le variant Delta n’est pas exactement la même, et les conclusions des recherches dans différents pays ne sont pas exactement les mêmes.

Une étude récente publiée dans le New England Journal of Medicine, basée sur des données réelles provenant du Royaume-Uni, a confirmé les données sur l'efficacité du vaccin publiées par Public Health England en mai. L'étude a révélé qu'au Royaume-Uni, après l'administration de deux doses du vaccin COVID-19 de Pfizer, l'efficacité de la prévention des cas symptomatiques causés par la variante Delta était de 88 % et l'efficacité contre la variante Alpha était de 93,7 %. Deux doses du vaccin Oxford-AstraZeneca sont efficaces à 67 % contre le variant Delta et à 74,5 % contre le variant Alpha[24].

Les données préliminaires d’une petite étude menée en Israël suggèrent que l’efficacité du vaccin Pfizer dans la prévention de l’infection au COVID-19 a diminué ces dernières semaines. Selon les données du ministère israélien de la Santé, entre le 20 juin et le 17 juillet (le nombre exact n'a pas encore été annoncé), le variant Delta a dominé les cas de COVID-19 en Israël. Après deux doses du vaccin Pfizer, l’efficacité de réduction du risque d’infection était de 39 %, l’efficacité de réduction des cas symptomatiques était de 40 %, l’efficacité de réduction des hospitalisations était de 88 % et l’efficacité de réduction du risque de maladie grave était de 91 % [25].

Il y a deux points qui méritent d’être pris en considération à propos des cas d’Israël et du Royaume-Uni :

Premièrement, Israël a commencé la vaccination de masse relativement tôt, et l’effet protecteur du vaccin a peut-être commencé à décliner.

Deuxièmement, au Royaume-Uni, l’intervalle entre les deux injections du vaccin Pfizer est de plus de 8 semaines, alors qu’en Israël l’intervalle traditionnel est de 3 semaines.

Le Royaume-Uni avait initialement prolongé l'intervalle entre deux doses du vaccin Pfizer COVID-19 à 12 semaines à la fin de 2020. À mesure que la couverture vaccinale augmente au Royaume-Uni, cet intervalle a désormais été réduit à huit semaines. Un article préliminaire non évalué par des pairs a étudié la réponse immunitaire de 503 travailleurs du National Health Service (NHS) du Royaume-Uni après avoir reçu le vaccin Pfizer COVID-19[26]. Le personnel a reçu deux injections à des intervalles différents fin 2020 et début 2021, lorsque le variant Alpha se propageait rapidement au Royaume-Uni. Un mois après la deuxième dose, les chercheurs ont mesuré les niveaux d’anticorps dans le sang de ces 503 personnes.

Les résultats de l’étude ont montré que :

Que l’intervalle entre les deux injections du vaccin Pfizer soit court ou long, il produit généralement une forte réponse immunitaire.

Un intervalle de vaccination de 3 semaines a produit moins d’anticorps neutralisants qu’un intervalle de 10 semaines.

Après la première injection, bien que le niveau d’anticorps ait diminué, le niveau de cellules T (immunité cellulaire) est resté élevé.

L'intervalle plus long a entraîné moins de cellules T totales, mais une proportion plus élevée d'un type spécifique, appelé cellules T auxiliaires. Ces cellules sont essentielles au soutien de la mémoire immunitaire.

La professeure Susanna Dunachie, chercheuse principale de l'étude, a déclaré que deux doses du vaccin Pfizer sont meilleures qu'une, mais que l'intervalle entre les deux doses peut être organisé de manière flexible en fonction de la situation. Compte tenu de la situation actuelle au Royaume-Uni, elle estime qu’un intervalle de huit semaines est le meilleur délai.

Bien que ce type d’observation et d’analyse approfondie des données soit mené en Israël, au Royaume-Uni et dans d’autres pays et régions du monde, il a des implications importantes pour les politiques de santé publique dans d’autres pays. Par exemple, est-il nécessaire de procéder à une troisième injection de rappel et quand est-elle nécessaire ? Est-il nécessaire de reprendre l’isolement social ? Vous pouvez vous référer aux données de ces pays et régions pour prendre des décisions sur ces questions.

Les vaccins COVID-19 existants sont développés pour des souches virales qui ne présentent pas encore ces mutations. Bien que des études aient montré que les vaccins contre la COVID-19 existants sont moins efficaces contre certains variants, ils semblent néanmoins prévenir les maladies graves après l’infection. Des recherches supplémentaires sont nécessaires pour parvenir à une conclusion définitive, et les fabricants de vaccins développent également de nouveaux vaccins contre ces variantes.

Références

[1] https://www.nbcboston.com/news/local/more-than-5100-breakthrough-covid-cases-reported-in-mass-at-least-80-have-died/2435719/.

[2] Davies, NG, et al., Transmissibilité estimée et impact de la lignée B.1.1.7 du SARS-CoV-2 en Angleterre. Sciences, 2021. 372(6538).

[3] https://depts.washington.edu/pandemicalliance/2021/01/25/nervtag-note-on-b-1-1-7-severity/.

[4] https://www.fda.gov/media/145802/download.

[5] Wang, P., et al., Résistance aux anticorps des variantes B.1.351 et B.1.1.7 du SARS-CoV-2. Nature, 2021. 593(7857) : p. 130-135.

[6] Shen, X., et al., La variante B.1.1.7 du SARS-CoV-2 est sensible aux anticorps neutralisants provoqués par les vaccins à pointes ancestraux. Hôte cellulaire et microbe, 2021. 29(4) : p. 529-539.e3.

[7] Edara, VV, et al., Les anticorps anti-infection et anti-ARNm-1273 neutralisent la variante britannique du SARS-CoV-2. 2021 : p. 2021.02.02.21250799.

[8] Collier, DA, et al., Sensibilité du SARS-CoV-2 B.1.1.7 aux anticorps induits par le vaccin à ARNm. Nature, 2021. 593(7857) : p. 136-141.

[9] Wu, K., et al., Le vaccin à ARNm-1273 induit des anticorps neutralisants contre les mutants de pointe des variantes mondiales du SARS-CoV-2. 2021 : p. 2021.01.25.427948.

[10] https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3779160.

[11] https://cmmid.github.io/topics/covid19/reports/sa-novel-variant/2021_01_11_Transmissibility_and_severity_of_501Y_V2_in_SA.pdf.

[12] https://www.fda.gov/media/145611/download.

[13] Madhi, SA, et al., Sécurité et efficacité du vaccin ChAdOx1 nCoV-19 (AZD1222) Covid-19 contre la variante B.1.351 en Afrique du Sud. 2021 : p. 2021.02.10.21251247.

[14] https://ir.novavax.com/press-releases.

[15] https://www.jnj.com/johnson-johnson-covid-19-vaccine-authorized-by-us-fda-for-emergency-usefirst-single-shot-vaccine-in-fight-against-global-pandemic.

[16] Wang, P., et al., Résistance accrue du variant P.1 du SARS-CoV-2 à la neutralisation des anticorps. 2021 : p. 2021.03.01.433466.

[17] Deng, X., et al., Transmission, infectiosité et neutralisation des anticorps d'une variante émergente du SARS-CoV-2 en Californie portant une mutation de la protéine de pointe L452R. 2021 : p. 2021.03.07.21252647.

[18] https://khub.net/documents/135939561/405676950/Increased+Household+Transmission+of+COVID-19+Cases+-+national+case+study.pdf/7f7764fb-ecb0-da31-77b3-b1a8ef7be9aa.

[19] Jangra, S., et al., La mutation E484K du pic SARS-CoV-2 réduit la neutralisation des anticorps. The Lancet Microbe, 2021. 2(7) : p. e283-e284.

[20] Annavajhala, MK, et al., Une nouvelle variante du SARS-CoV-2 en expansion, B.1.526, identifiée à New York. 2021 : p. 2021.02.23.21252259.

[21] Greaney, AJ, et al., Cartographie complète des mutations dans le domaine de liaison au récepteur du SARS-CoV-2 qui affectent la reconnaissance par les anticorps plasmatiques humains polyclonaux. Hôte cellulaire et microbe, 2021. 29(3) : p. 463-476.e6.

[22] Garcia-Beltran, WF, et al., Plusieurs variantes du SARS-CoV-2 échappent à la neutralisation par l'immunité humorale induite par le vaccin. Cellule, 2021. 184(9) : p. 2372-2383.e9.

[23] https://virological.org/t/viral-infection-and-transmission-in-a-large-well-traced-outbreak-caused-by-the-delta-sars-cov-2-variant/724.

[24] Lopez Bernal, J., et al., Efficacité des vaccins Covid-19 contre la variante B.1.617.2 (Delta). 2021.

[25] https://www.cnbc.com/2021/07/23/delta-variant-pfizer-covid-vaccine-39percent-effective-in-israel-prevents-severe-illness.html.

[26] https://www.pitch-study.org/PITCH_Dosing_Interval_23072021.pdf.