Une nouvelle souche d’Omicron a été détectée en Inde et à Singapour. Peut-on encore retirer nos masques ?

La barrière immunitaire de la population a été renforcée et la plupart des gens n’ont pas besoin d’avoir peur des nouvelles souches actuelles, mais chacun doit prendre des mesures de prévention épidémique appropriées en fonction de sa situation réelle.

Écrit par Zhou Yebin

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Un nouveau membre de la famille Omicron ?

Récemment, l’épidémie de COVID-19 a refait surface à Singapour, en Inde et dans d’autres endroits[1]. Les agences de surveillance ont découvert une nouvelle souche du nouveau coronavirus se propageant dans ces endroits. Le nom de cette variété est assez étrange : Arcturus, qui est une étoile située dans la constellation du Bouvier et la troisième étoile la plus brillante du ciel.

La souche Arcturus a un vrai nom obscur : XBB.1.16. L’Organisation mondiale de la santé (OMS) a déclaré qu’elle prêtait attention à cette nouvelle souche du virus. [2]

Nous savons déjà que le nouveau coronavirus, comme tous les virus, continuera d’accumuler diverses mutations au cours du processus de transmission, et lentement, le virus peut changer sa capacité de transmission, sa pathogénicité et ses caractéristiques d’échappement immunitaire. Il est donc très important de suivre les variantes du virus et de les nommer pour les distinguer. La communauté scientifique utilise la méthode de dénomination Pangolin pour nommer les nouvelles variantes du coronavirus, qui est basée sur la séquence du génome du virus et nommée en fonction de la relation évolutive des différentes variantes. [3]

Par exemple, la variante alpha, qui a été la première à avoir un impact significatif sur l'épidémie, a été nommée B.1.1.7 par Pangolin, ce qui signifie qu'elle est la septième branche nommée sous la souche virale B.1.1, et B.1.1 est une sous-branche de la souche virale B.1. Cependant, à mesure que le nouveau coronavirus continue de se propager, les souches du virus continuent d’hériter de branches. Si la méthode de dénomination est uniquement utilisée pour ajouter des points décimaux et des chiffres, les noms des souches virales populaires actuelles seront trop longs pour être utilisés dans la communication quotidienne et il sera facile de faire des erreurs.

Par conséquent, lorsque Pangolin a nommé le virus avec 4 décimales, il a changé les lettres devant afin que le virus ait toujours un nom relativement concis. Par exemple, les sous-branches d'Omicron sont devenues BA.1, BA.2, BA.5, etc. Au cours de la première vague de l'épidémie d'Omicron en Chine, de fin 2022 à début 2023, il y avait une souche virale majeure appelée BF.7, qui est en fait la souche BA.5, un nom simplifié de la souche Pangolin de BA.5.2.1.7.

Cependant, en plus d'accumuler des mutations au fil des générations d'une manière similaire à la « reproduction » pour former de nouvelles souches virales, le nouveau coronavirus subit parfois également une recombinaison entre différentes souches virales, produisant ainsi de nouvelles souches mutantes. Dans le système Pangolin, les initiales X sont utilisées spécifiquement pour décrire la souche variante formée par cette recombinaison, et le nom XBB.1.16 indique également qu'elle est dérivée à l'origine de la recombinaison de deux souches virales.

En se référant aux principes mentionnés ci-dessus, Arcturus XBB.1.16 est la seizième sous-lignée nommée indépendamment de la sous-souche XBB.1, et XBB.1 est une recombinaison des souches BA.2.10.1 et BA.2.75 [4] . Depuis que le premier cas de XBB a été détecté fin septembre 2022, Singapour a connu une série d'épidémies principalement causées par XBB et XBB.1 en octobre et novembre [4] . Au début de cette année, XBB.1.5 est devenue la souche virale la plus courante aux États-Unis et, après mars, elle représentait plus de 80 % des nouvelles infections à coronavirus aux États-Unis [5]. Par conséquent, Arcturus XBB.1.16 n’est pas la première souche XBB à attirer l’attention humaine.

La dénomination des pangolins peut nous aider à déterminer la relation évolutive entre différentes souches de virus, mais elle est obscure et difficile à comprendre pour le public. À cette fin, l'Organisation mondiale de la santé a nommé certaines des souches de virus les plus influentes d'après des lettres grecques, telles que Alpha, Delta, Omicron, etc. Cependant, ce système est devenu très gênant après l'émergence d'Omicron, car il existe trop de branches d'Omicron, et aucune d'entre elles n'a un grand impact individuellement pour nécessiter une dénomination indépendante, mais les rassembler toutes ignore le fait que différentes sous-souches ont des caractéristiques d'échappement immunitaire différentes et peuvent provoquer des épidémies répétées.

En conséquence, le surnom est devenu un nom que de nombreux médias sont heureux d’utiliser. Par exemple, XBB.1.5 s'appelle Kraken, le monstre marin de la mythologie nordique, et Arcturus est également le surnom de XBB.1.16. Avec ces surnoms bizarres issus de la mythologie ou de l’astrologie, il est facile pour les nouvelles souches de virus d’attirer une attention généralisée. Mais vous devez savoir que le surnom lui-même n'a rien à voir avec la pathogénicité, la transmissibilité ou l'échappement immunitaire de la souche virale, et ne reflète pas non plus le nombre réel de mutations accumulées ou sa différence avec les souches virales précédentes. Il n’y a donc pas lieu de paniquer lorsque nous voyons un surnom effrayant ou étrange pour une souche de virus.

Nous devons maintenant noter que Kraken et Arcturus sont toujours des sous-souches d'Omicron et sont similaires aux autres sous-souches d'Omicron dans de nombreuses caractéristiques.

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XBB.1.16 n'est pas un grand changement

Bien que le surnom d'Arcturus donne à XBB.1.16 un aspect extrêmement spécial, cette souche mutante ne présente aucun changement radical par rapport aux autres sous-souches d'Omicron qui ont été populaires récemment.

En tant que branche de XBB, XBB.1.16 est très similaire à la souche virale dominante actuelle XBB.1.5 aux États-Unis, et n'est pas très différent du XBB qui a d'abord attiré l'attention de tous à Singapour. La principale caractéristique de la souche du virus Omicron est le grand nombre de mutations sur la protéine de pointe (protéine S), ce qui conduit à un grave échappement immunitaire. Les différentes sous-souches d'Omicron ont également formé une diversité extrêmement élevée dans la mutation de la protéine S et peuvent souvent échapper à l'immunité de la sous-souche Omicron traditionnelle passée grâce à des changements dans quelques acides aminés. Par conséquent, pour toute nouvelle sous-souche d’Omicron émergente, nous porterons une attention particulière à la présence de nouvelles mutations sur la protéine S.

En analysant les séquences d'acides aminés de la protéine S des trois souches virales XBB, XBB.1.5 et XBB.1.16, il a été découvert que XBB.1.16 présentait une nouvelle mutation E180V. Contrairement aux deux précédents, qui présentent la mutation T478K à la position de l'acide aminé 478, XBB.1.6 présente la mutation T478R. À la position de l'acide aminé 486, XBB.1.16 et XBB.1.5 ont la même mutation F486P, qui est différente de la mutation F486S de XBB[6].

Figure 1. Comparaison des mutations d'acides aminés dans la protéine S de trois souches du virus XBB [6]

La protéine S pleine longueur contient des milliers d'acides aminés, et même un seul domaine de liaison au récepteur ACE2 contient plus de 200 acides aminés[7]. À en juger uniquement par le nombre de mutations différentes, XBB.1.16 est très similaire aux souches de virus XBB déjà connues. Il faut savoir que lorsque Omicron est apparu soudainement, il s'est appuyé sur le fait qu'il y avait jusqu'à 32 mutations d'acides aminés dans la protéine S par rapport à la souche originale, ce qui lui a permis de provoquer une épidémie mondiale grâce à une puissante évasion immunitaire.

Bien sûr, si seulement quelques mutations d’acides aminés se produisent à certains endroits clés, elles peuvent provoquer d’énormes changements dans la capacité de la souche virale à échapper au système immunitaire et à envahir les cellules. Cependant, au cours des trois dernières années de l’épidémie, les scientifiques ont accumulé une grande quantité de recherches et sont en mesure de mieux juger l’impact de la nouvelle mutation du coronavirus. Les chercheurs ont découvert que même s'il existe aujourd'hui de nombreuses lignées secondaires d'Omicron, un bon nombre d'entre elles ont en fait subi une évolution convergente afin de franchir la barrière immunitaire humaine commune - c'est-à-dire que des mutations similaires sont apparues dans la protéine S [8]. La souche XBB ne fait pas exception. Bien qu'il provienne de la recombinaison de deux souches virales et qu'il ne soit pas un proche parent de BF.7, BQ.1 et d'autres descendants directs de BA.5, il partage de nombreux emplacements de mutation et même des mutations spécifiques sur la protéine S.

Figure 2. XBB et d'autres variants recombinants du SARS-CoV-2 présentent les mêmes mutations de la protéine S que les autres sous-souches d'Omicron, indiquant une évolution convergente[8]

Les scientifiques peuvent même donner rapidement des réponses sur les avantages concurrentiels spécifiques qu’une certaine mutation peut apporter. Par exemple, XBB n'est devenu la souche virale dominante que dans quelques régions comme Singapour, avec un « débordement » limité, tandis que XBB.1.5 s'est « démarqué » aux États-Unis, battant d'autres souches telles que BQ.1 et XBB. Quelle est la raison derrière cela ? Il s'avère que la mutation F486S de XBB n'est pas propice à la liaison du virus au récepteur ACE2, tandis que la mutation F486P de XBB.1.5 (la même que XBB.1.16) inverse cet inconvénient, rendant le virus pas plus faible que les autres souches virales dans l'utilisation du récepteur ACE2, ce qui signifie qu'il a un avantage dans la capacité de transmission. Par conséquent, XBB.1.5 peut gagner la compétition parmi plusieurs souches de virus[9]. Les scientifiques ont découvert cette raison alors que XBB.1.5 venait d'entrer dans sa période de croissance aux États-Unis.

L'Organisation mondiale de la santé a également souligné que la mutation « T478R » sur XBB.1.16 est différente des mutations des principales branches XBB dans le passé. En laboratoire, il a été démontré qu'il augmentait la transmissibilité et la pathogénicité du virus, il est donc répertorié comme une « souche virale préoccupante » [10] . Les médias ont largement rapporté une augmentation du nombre de cas en Inde et à Singapour, mais il convient de noter que le nombre de cas dans ces deux pays était extrêmement faible auparavant, et que le nombre de cas après la flambée est toujours inférieur aux pics épidémiques précédents, et qu'il n'y a pas eu de fluctuation significative des cas graves et des décès.

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Le nouveau variant va-t-il nous ramener au pic de l’épidémie ?

En voyant des termes tels que « Kraken » et « Arcturus » apparaître fréquemment dans les reportages médiatiques, il est inévitable de craindre que la nouvelle souche mutante nous ramène au pic de l’épidémie.

Cette vigilance ne peut être considérée comme une inquiétude excessive. Après tout, au cours des trois dernières années environ, les nouvelles souches mutantes émergentes ont déterminé la plupart des fluctuations épidémiques. Alors que l’épidémie causée par la souche originale du nouveau coronavirus s’est légèrement atténuée, les souches virales Alpha, Beta, Gamma et autres apparues fin 2020 ont provoqué des épidémies plus graves dans le monde entier. À l’été 2021, alors que tout le monde était plein d’espoir quant au nouveau vaccin contre la couronne, l’émergence de la souche Delta a provoqué un rebond rapide de l’épidémie. Fin 2021, la souche Omicron a provoqué un pic d’infection mondial sans précédent.

Il convient toutefois de noter qu’après l’émergence de la souche Omicron, avec l’amélioration de la base immunitaire de la population provoquée par la vaccination mondiale et l’infection naturelle, l’épidémie actuelle de COVID-19 est très différente du passé.

Nous pouvons nous référer aux changements dans les cas d’infection à Singapour[11] :

Figure 3. Évolution des nouvelles infections pendant les périodes où différentes souches virales dominaient à Singapour [11]

Lorsque Singapour a été confronté à la première vague de l'épidémie d'Omicron, BA.1/2 a provoqué un grand nombre d'infections en peu de temps en raison de son échappement immunitaire extrêmement fort et de sa vitesse de transmission. Cependant, depuis lors, bien que des sous-souches telles que BA.5 et XBB aient fait de nouveaux progrès en matière d’échappement immunitaire et que leur vitesse de transmission ne soit pas inférieure à celle de BA.1/2, la gravité des épidémies qu’elles ont provoquées a diminué. Cela est dû au fait que la base immunitaire formée par la vaccination et les infections passées limite l’impact des souches mutantes ultérieures d’Omicron .

Bien sûr, les sous-souches d’Omicron nouvellement apparues telles que XBB.1.16 ont souvent des capacités d’échappement immunitaire plus fortes, en particulier contre les anciennes souches du virus Omicron. Cependant, cette évasion immunitaire n’est pas complète, de sorte que les lignées Omicron nouvellement apparues sont toujours limitées par les fondements immunitaires passés. Comme le montre la figure ci-dessous, après que Singapour a connu plusieurs vagues d’épidémies, le nombre de décès à chaque vague a considérablement diminué :

Figure 4. Évolution du nombre de nouveaux décès à Singapour pendant les périodes où différentes souches virales dominaient le pays[11]

Au fil du temps, le niveau d’immunité de la population va diminuer et de nouveaux variants peuvent également avoir un impact sur les barrières immunitaires créées par la vaccination passée et l’infection naturelle par le biais d’un échappement immunitaire plus fort. Cependant, même pour une souche mutante comme Omicron qui est apparue soudainement et dont on peut dire qu'elle appartient à un sérotype complètement différent de la souche virale d'origine, l'échappement immunitaire n'est toujours pas complet. Par conséquent, nous pouvons être assurés que les nouvelles souches virales émergentes, qu'il s'agisse de XBB.1.5 ou de XBB.1.16, ne peuvent provoquer qu'un léger rebond des cas d'infection dans certains endroits et n'entraîneront pas un grand nombre de cas graves ou de décès.

Quant à la rumeur en ligne selon laquelle Arcturus peut provoquer une conjonctivite, également connue sous le nom d'œil rose, il est certain que XBB.1.16 et d'autres souches de virus XBB ont un génome très similaire. D’un point de vue biologique, il est impossible qu’ils provoquent soudainement de nouveaux symptômes. Il est relativement rare que la COVID-19 provoque des symptômes oculaires, mais la littérature antérieure a signalé une conjonctivite chez des personnes infectées. La soi-disant cause spéciale de la conjonctivite est probablement similaire à la rumeur précédente en ligne selon laquelle le XBB provoque une diarrhée, ce qui a entraîné une rupture de stock de certains médicaments antidiarrhéiques. Il s’agit d’une fausse rumeur basée sur quelques cas.

Certains craignent également que les vaccins utilisés en Chine soient différents de ceux utilisés à Singapour. Cela affectera-t-il notre barrière immunitaire ? Selon une étude menée par des chercheurs de Shanghai, après deux doses de vaccin inactivé et une infection par BA.2, des anticorps neutralisants contre des souches virales telles que XBB et XBB.1.5 peuvent encore être détectés six mois plus tard [12].

Figure 5. Les anticorps neutralisants contre diverses nouvelles sous-souches d'Omicron étaient encore détectables chez les receveurs de vaccins inactivés 6 mois après une infection percée par BA.2 [12]

Bien sûr, pour les nouvelles souches de virus telles que XBB qui ont une évasion immunitaire plus forte, le titre d’anticorps neutralisants a considérablement diminué. Cependant, l’existence même de la réaction de neutralisation prouve que ces nouvelles souches virales n’ont pas complètement échappé à l’évasion immunitaire dans l’immunité humorale. Couplé au fait que l'immunité cellulaire est plus résistante aux « mutations », nous pouvons également spéculer que même si la Chine connaît une deuxième vague d'épidémie due à une nouvelle sous-souche d'Omicron, la gravité sera inférieure, voire bien inférieure, à celle de la première vague.

Ces derniers mois, la Chine n’a pas manqué de détecter de nouveaux variants comme le XBB. Selon le statut national d'infection au COVID-19 publié par le CDC le 16 avril, un total de 15 cas d'Arcturus XBB.1.16 ont été détectés dans le pays [13], mais l'épidémie nationale est toujours à un faible niveau.

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Dois-je continuer à porter le masque ou le remettre ?

Les masques protégeaient autrefois la plupart des Chinois et sont également le symbole des mesures de santé publique les plus étroitement liées à la nouvelle épidémie de coronavirus. Nous sommes maintenant à la fin du mois d’avril et la température augmente. Tout le monde espère sincèrement pouvoir retirer son masque et respirer librement. Maintenant qu’une nouvelle souche de virus est apparue, pouvons-nous encore retirer le masque ?

Comme mentionné précédemment, la base immunitaire actuelle de la population est significativement différente de celle d’avant l’épidémie d’Omicron. Même si des souches mutantes telles que XBB.1.16 déclenchent une deuxième vague d’épidémie, elle ne sera pas aussi grave que la première vague. En outre, grâce à la bonne santé du système immunitaire, pour la plupart des jeunes en bonne santé, même si la nouvelle variante peut entraîner un risque plus élevé d’infection secondaire, le risque de maladie grave reste très faible.

Dans ce cas, nous devons considérer les avantages et la nécessité de diverses mesures de protection. L’imposition de masques à grande échelle peut réduire la propagation du nouveau coronavirus, mais maintenant que la température augmente, il devient de plus en plus gênant de porter des masques pendant une longue période. Lorsque les dommages causés par l’épidémie diminuent, il est plus raisonnable de rendre aux individus le choix des mesures de protection comme le port du masque. C’est également la raison pour laquelle nous constatons que Singapour, Hong Kong et d’autres pays ont fait de la levée de l’obligation du port du masque une politique lorsqu’ils ont décidé de sortir de l’urgence liée au COVID-19 après que la menace du COVID-19 a diminué.

Certaines nouvelles concernant Arcturus XBB.1.16 ont indiqué que l'Inde a rétabli l'obligation du port du masque, mais en fait, seuls quelques États en Inde ont temporairement rétabli l'obligation de porter des masques dans les lieux publics. De plus, après l’expérience tragique du variant Delta, le ministère indien de la Santé a également ordonné aux hôpitaux de mener des exercices de réponse aux infections à grande échelle la semaine dernière[14]. Ces politiques relèvent davantage de la prudence et ne signifient pas que l’Inde est à nouveau confrontée à une épidémie grave.

Cependant, lorsque nous disons que la plupart des gens présentent un « faible risque de maladie grave », cela ne signifie pas que la COVID-19 est devenue plus bénigne pour tout le monde. Les groupes à haut risque, comme les personnes âgées et les personnes immunodéprimées, risquent de se retrouver dans une situation où « s’ils sont infectés, c’est très dangereux » pendant une longue période. Pour eux, des mesures de protection comme le port du masque peuvent être nécessaires.

Trois années de pandémie mondiale de COVID-19 se sont écoulées, mais le virus n’a pas quitté la société humaine. Face à l’émergence continue de nouvelles souches virales, une réponse plus raisonnable consiste à suivre activement l’évolution des souches virales et à déterminer rapidement quelles nouvelles souches virales pourraient devenir courantes et quel impact elles auront. Dans le même temps, nous devons également prêter attention à l’évolution des niveaux immunitaires de la population et introduire des mesures telles que des rappels lorsque cela est nécessaire pour maintenir la base immunitaire de la population. Enfin, des réponses différenciées doivent être apportées en fonction des risques des différents groupes de personnes. Les groupes à haut risque nécessitent non seulement des plans spécifiques de vaccination et de traitement médicamenteux, mais également des recommandations différenciées sur les mesures physiques de prévention des épidémies telles que le port du masque.

Références

[1] https://www.coronaheadsup.com/science/variants/recombinants/xbb-1-16/singapore-big-jump-in-xbb-1-16-suddenly-outcompetes-xbb-1-9-1/

[2] https://www.cnn.com/2023/04/06/health/coronavirus-omicron-xbb/index.html

[3] https://www.pango.network/the-pango-nomenclature-system/statement-of-nomenclature-rules/

[4] https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(23)00390-2/fulltext

[5] https://covid.cdc.gov/covid-data-tracker/#variant-proportions

[6] https://outbreak.info/compare-lineages?pango=XBB.1.5&pango=XBB.1.16&pango=XBB&gene=S&gene=ORF1b&gene=ORF1a&threshold=75&dark=false

[7] https://www.nature.com/articles/s41423-020-0400-4

[8] https://www.nature.com/articles/s41586-022-05644-7

[9] https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1473309923000105?via%3Dihub

[10] https://www.who.int/multi-media/details/who-press-conference-on-covid-19-and-other-global-health-issues-29-march-2023

[11] https://covid19.who.int/region/wpro/country/sg

[12] https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.02.07.527406v2.full

[13] https://www.chinacdc.cn/jkzt/crb/zl/szkb_11803/jszl_13141/202304/t20230415_265355.html

[14] https://www.independent.co.uk/news/health/arcturus-new-covid-variant-india-uk-b2319005.html

Cet article est soutenu par le projet de vulgarisation scientifique « Chine Ciel étoilé ».

Produit par : Association chinoise pour la science et la technologie, Département de vulgarisation scientifique

Producteur : China Science and Technology Press Co., Ltd., Beijing Zhongke Xinghe Culture Media Co., Ltd.

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