Après avoir coexisté avec le nouveau coronavirus, devons-nous encore surveiller le virus ?

La coexistence avec la COVID-19 doit être fondée sur la compréhension de celle-ci plutôt que sur son ignorance.

Écrit par Zhou Yebin

Le 25 décembre, la Commission nationale de la santé a publié une déclaration : « Désormais, les informations quotidiennes sur l'épidémie ne seront plus publiées. » Les tests d'acide nucléique à grande échelle étant désormais abandonnés, le nombre de cas confirmés signalés par les autorités officielles ne peut plus refléter la situation réelle de l'infection. De plus en plus de personnes sont diagnostiquées grâce à l’auto-test antigénique, et de nombreuses personnes présentent des symptômes mais ne disposent pas de kits de test antigénique pour être testées. Certaines personnes peuvent dire que la plupart des personnes infectées présentent des symptômes légers ou sont de toute façon asymptomatiques, donc que vous soyez testé ou non, vous devrez quand même prendre des médicaments contre le rhume. Alors, est-il utile de tester le virus ?

Certains pensent que « s’ouvrir signifie s’allonger » et qu’« il n’est pas nécessaire de se soucier de l’existence du nouveau coronavirus ». Mais ce n’est absolument pas le cas. Les pays et régions qui ont levé un grand nombre de mesures de prévention de l'épidémie avant la Chine maintiennent toujours les tests et la surveillance de l'épidémie du nouveau coronavirus. Mon pays peut également s’inspirer de certaines de leurs pratiques réussies pour éviter de rester passif dans la compréhension de la direction de l’épidémie et la formulation de mesures ciblées.

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Coexister avec le virus ne signifie pas ignorer son existence

Bien que la toxicité intrinsèque de la souche virale Omicron actuellement répandue soit plus faible que certaines souches virales précédentes, et que la grande majorité des personnes du pays aient été vaccinées, de nombreuses personnes ne souffrent en effet que de symptômes légers, voire d'aucun symptôme après l'infection. Il n'y a donc pas lieu d'avoir trop peur, mais la menace posée par Omicron pour les groupes à haut risque ne peut être sous-estimée. Les données de Hong Kong ont montré que parmi les personnes non vaccinées de plus de 80 ans, le taux de mortalité dû à l'infection par Omicron était encore aussi élevé que 14,6 %, tandis que le taux de mortalité après avoir reçu trois doses du vaccin inactivé était encore de 2 %[1].

Du point de vue de la protection des groupes à haut risque, nous devons assurer un bon suivi de la situation de l’infection au nouveau coronavirus afin de pouvoir ajuster les plans de prévention et de contrôle de manière ciblée. De plus, la capacité de transmission d'Omicron est si forte que 20 à 30 % de la population des États-Unis, de Singapour, de Hong Kong, de Taïwan et d'autres endroits ont été infectés lors de la première vague d'Omicron en deux ou trois mois. Cette situation où un grand nombre de personnes sont infectées en peu de temps aura également un impact sur le fonctionnement normal de la société. Aujourd’hui, de nombreux membres du personnel médical du pays ont été testés positifs, mais insistent toujours pour aller travailler. Le suivi nécessaire de la situation infectieuse nous permettra également de prendre les mesures nécessaires en termes d’allocation des ressources médicales, de services sociaux et d’autres aspects.

De plus, le développement de l’épidémie signifie que le virus se réplique également en permanence, et chaque réplication du virus correspond au risque de mutation. De nos jours, de nombreuses personnes s’inquiètent du risque d’infection secondaire. D’une manière générale, le risque d’infection secondaire dans les trois mois est très faible. Cependant, dès qu’une nouvelle souche mutante dotée d’un système immunitaire amélioré apparaît, le risque d’infection secondaire augmente considérablement. Sans tests pour le nouveau coronavirus, il est naturellement impossible de découvrir la mutation du virus, et encore moins d’avertir et de prévenir d’éventuelles nouvelles souches mutantes.

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Le nombre de tests d’acide nucléique a diminué. Comment juger la tendance de l’épidémie ?

Au cours des dernières années, le pays a eu recours à des tests d’acide nucléique à grande échelle pour détecter presque tous les cas d’infection, identifier la grande majorité des contacts étroits, les isoler et les gérer, et bloquer la transmission. Cependant, ce niveau de prévention et de contrôle nécessitera des coûts extrêmement élevés en main-d’œuvre et en ressources matérielles, et à mesure que le nombre d’infections augmentera, il deviendra de plus en plus insoutenable. Maintenant que l’épidémie a éclaté, il nous est impossible d’utiliser les tests d’acide nucléique pour détecter chaque cas d’infection. Cela ne signifie toutefois pas que les tests d’acide nucléique sont inutiles. Nous pouvons toujours fournir des informations clés sur la tendance de l’épidémie grâce à certains tests.

Les tests d’acide nucléique peuvent fournir deux informations : l’une est le nombre de cas positifs. Cela fournit des informations directes sur la situation de l’infection, qui était auparavant notre seul objectif. Cependant, lorsqu'un certain nombre de tests d'acide nucléique sont agrégés, une autre donnée peut être fournie : le « taux de détection positive », c'est-à-dire le nombre de personnes testées qui sont positives. Si l’on effectue seulement le même nombre de tests d’acide nucléique, plus la transmission communautaire est grave, moins le volume de tests sera suffisant et plus le taux de détection positive sera élevé.

La combinaison du nombre de cas positifs avec le taux de détection positive peut fournir certaines informations sur les tendances épidémiques. L’insuffisance des tests d’acide nucléique est un problème de longue date auquel sont confrontés de nombreux pays. Il existe donc également une expérience internationale consistant à ajouter le taux de détection positif pour évaluer la transmission communautaire. Par exemple, la norme d’évaluation du statut de transmission communautaire introduite par le CDC américain combine le nombre de nouveaux cas avec le taux de détection positive [2] :

Critères de transmission communautaire du CDC américain

Le nombre de nouvelles infections pour 100 000 personnes par semaine est combiné au taux de détection positive des acides nucléiques. L’indicateur correspondant à un risque de transmission plus élevé indique le niveau de risque de transmission. Bien que les tests d’acide nucléique de routine aient été supprimés, ils existent toujours dans des endroits spéciaux tels que les hôpitaux. Les tests effectués dans ces endroits peuvent être considérés dans une certaine mesure comme un échantillonnage des communautés locales. L’intégration du taux de détection positive dans l’analyse épidémique peut fournir une tendance épidémique plus précise.

Bien sûr, de plus en plus de personnes pourraient se tourner vers l’auto-test avec des antigènes. Ces données sont plus difficiles à compiler que les tests d’acide nucléique qui sont finalement réalisés en laboratoire. À cet égard, nous pouvons nous référer à Hong Kong et à Singapour, qui offrent tous deux à leurs résidents une fenêtre en ligne pour signaler les résultats positifs des tests antigéniques [3-4]. Même si ce type d’auto-déclaration sous-estime inévitablement le nombre réel de cas positifs, il peut néanmoins aider à juger de la tendance de l’épidémie. Par exemple, examinons l’évolution de la situation épidémique à Singapour depuis 2022[5] :

Évolution de l'épidémie d'Omicron à Singapour

Bien que le nombre spécifique de cas soit probablement sous-estimé car de nombreux cas positifs à l’antigène peuvent ne pas être signalés, la tendance générale reflète au moins l’impact de plusieurs sous-souches différentes d’Omicron. Ces données peuvent aider les services de santé publique à formuler de meilleures recommandations en matière de prévention des épidémies et permettre également au public de comprendre la situation actuelle de l’épidémie et de gérer sa santé personnelle.

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Le suivi de l’impact de la COVID-19 peut être effectué « en coulisses »

Les tests d’acide nucléique et les tests antigéniques sont des méthodes traditionnelles de détection de la COVID-19, et les données sont spécifiques à chaque personne effectuant le test. Même si nous offrons l’accès le plus large possible aux tests et collectons autant de résultats de tests que possible, nous rencontrerons toujours des situations où des personnes n’ont pas été testées ou n’ont pas téléchargé les résultats de leur test antigénique. À mesure que nous coexistons avec le nouveau coronavirus pendant une période plus longue, la motivation des gens à se faire tester pourrait également diminuer. Par conséquent, en plus de ces méthodes de détection traditionnelles, certaines actions plus « en coulisses » devraient également être envisagées pour garantir l’exhaustivité de la surveillance de l’épidémie.

Une approche qui mérite d’être mentionnée est la surveillance du nouveau coronavirus dans les eaux usées domestiques. Par exemple, les États-Unis ont mis en place un système national de surveillance des eaux usées (NWSS). Toutes les régions peuvent participer au NWSS. Actuellement, il existe 1 304 points d’échantillonnage pour surveiller la quantité de COVID-19 dans les eaux usées aux États-Unis[6].

Le principe du NWSS est qu’il y aura une certaine quantité de COVID-19 dans les eaux usées domestiques des personnes infectées par le COVID-19 (il peut s’agir simplement de virus morts, pas nécessairement contagieux). Lorsque les eaux usées domestiques d’une communauté sont collectées à la station d’épuration correspondante, des échantillons peuvent être prélevés, puis testés pour le génome viral afin de déterminer si le COVID-19 est présent, de quelle souche il s’agit et quelle quantité de virus est présente [7]. Cela équivaut à surveiller la situation épidémique de l’ensemble de la communauté.

Si nous nous référons aux résultats actuels des tests du NWSS[6], nous pouvons constater que de nombreuses stations de surveillance montrent que le nombre de nouveaux cas locaux de coronavirus est en augmentation. Cela revient à dire au ministère de la Santé publique que lorsque les tests individuels diminuent, ce n’est pas que l’épidémie de COVID-19 ralentit, mais qu’il n’y a pas suffisamment de tests.

Résultats de la surveillance du NWSS sur la COVID-19

Lorsque l’épidémie atteint un certain stade, nous pouvons accorder davantage d’attention à la mesure dans laquelle le système médical est affecté par le nouveau coronavirus, plutôt qu’au seul nombre de cas infectés. À cet égard, nous pouvons nous référer à l’indice actuel de risque communautaire COVID-19 du CDC américain [8] :

Indicateurs de risque communautaire COVID-19 du CDC

Ces indicateurs peuvent montrer combien de nouvelles hospitalisations liées à la COVID-19 il y a dans les hôpitaux lorsque le nombre de nouveaux cas augmente, et quelle proportion de lits sont occupés par des patients atteints de la COVID-19 ? Ces données combinées peuvent mieux refléter l’impact de la charge de morbidité de l’épidémie sur la société, et également refléter la pression exercée sur le système médical dans une région spécifique.

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La surveillance des mutations du COVID-19 est essentielle

Après avoir coexisté avec le nouveau coronavirus, la détection du nouveau coronavirus nécessite non seulement de comprendre la tendance épidémique et la pression sur le système médical, mais également de surveiller les changements du nouveau coronavirus lui-même, c'est-à-dire l'évolution des souches mutantes.

Au cours des trois années qui ont suivi le début de la pandémie de COVID-19, des changements majeurs dans l’orientation de l’épidémie se sont accompagnés de l’émergence de nouvelles souches mutantes. Fin 2020, l’émergence du mutant Alpha a accéléré la propagation du nouveau coronavirus dans le monde ; à l’été 2021, l’émergence du variant Delta a provoqué un nouveau pic de l’épidémie ; et fin 2021, l’émergence d’Omicron a changé la direction de l’épidémie. Même si toute l'année 2022 a été causée par l'épidémie d'Omicron, les changements dans diverses sous-souches au sein d'Omicron ont également provoqué des épidémies répétées dans différentes régions.

Par exemple, dans les changements de l’épidémie à Singapour que nous avons vus auparavant, de BA.1 à BA.5 puis à XBB, les trois pics correspondent à trois sous-souches d’Omicron. Les capacités d’échappement immunitaire de ces trois sous-souches augmentent constamment. BA.5 peut échapper à BA.1, et XBB peut échapper à BA.5 dans une certaine mesure. Cette différence dans l’échappement immunitaire conduit à l’émergence de la prochaine sous-souche d’Omicron après la fin de l’épidémie précédente de sous-souche d’Omicron.

On peut dire que comprendre l’évolution des nouvelles souches mutantes du coronavirus au cours de l’épidémie est extrêmement critique pour nous permettre de prédire la tendance de l’épidémie. Les changements rapides dans la sous-souche Omicron rendent la surveillance rapide du génome viral encore plus critique. Par exemple, aux États-Unis, la sous-souche dominante d’Omicron a changé presque tous les 3 à 4 mois cette année, ce qui est nettement plus rapide que la période précédente où Alpha Delta a dominé la sous-souche dominante pendant six mois[9] :

Figure : Évolution des principales souches de coronavirus aux États-Unis

Par conséquent, sur la base de la détection du nouveau coronavirus, nous devons également échantillonner les échantillons de test et sélectionner une taille d'échantillon suffisante pour représenter la situation épidémique actuelle dans divers endroits pour effectuer le séquençage complet du génome du virus afin d'identifier la souche virale.

À mesure que l’épidémie nationale se développe, le suivi du génome viral deviendra de plus en plus important. Car il s’agit aussi de confirmer l’efficacité des vaccins et des médicaments thérapeutiques. Les souches virales BQ.1 et XBB, de plus en plus populaires à l'étranger, ont rendu tous les médicaments à base d'anticorps monoclonaux sur le marché inefficaces, ce qui démontre pleinement que la compréhension des souches virales actuellement répandues est directement liée au choix des médicaments thérapeutiques.

Lors de la conférence de presse du Mécanisme conjoint de prévention et de contrôle du Conseil des Affaires d'État le 20 décembre, des experts du CDC ont déclaré que la Chine était en train d'établir une base de données nationale sur le génome du nouveau coronavirus. Selon le « Plan de travail pour la surveillance des nouveaux variants du coronavirus dans la population chinoise », chaque province doit sélectionner trois villes, chaque ville doit sélectionner un hôpital sentinelle et chaque hôpital sentinelle doit collecter des échantillons de 15 cas ambulatoires et d'urgence, de 10 cas graves et de tous les décès par semaine pour le séquençage et l'analyse du génome. Les données de séquençage doivent être téléchargées dans un délai d’une semaine pour établir une base de données nationale sur le génome du nouveau coronavirus[10].

Il s’agit d’une étape très importante, mais à en juger par le volume de tests, elle est probablement loin d’être représentative des souches virales réelles présentes dans le pays. Premièrement, cette méthode d’échantillonnage sera concentrée dans les hôpitaux centraux des grandes villes et ne pourra pas représenter les villes petites et moyennes, et encore moins les villes et les zones rurales. Deuxièmement, en excluant les cas de décès, seulement 25 cas sont séquencés dans chaque hôpital chaque semaine, et seulement 75 cas dans une province. C’est un montant très faible compte tenu de l’épidémie nationale. De nos jours, des rumeurs sur diverses souches mutantes circulent constamment sur Internet. Par exemple, la souche du virus dans le nord est plus grave que dans le sud, et il existe même des spéculations selon lesquelles certaines infections seraient causées par le variant Delta. Si une surveillance complète du génome viral est mise en place, ces rumeurs qui peuvent provoquer la panique peuvent également être évitées.

La norme fixée par les États-Unis début 2021 est de séquencer 5 % des cas confirmés[11]. En Californie, 15 % et 13 % des cas de COVID-19 ont été séquencés respectivement en septembre et octobre 2022[12]. Étant donné qu’un grand nombre de cas d’infection ne seront pas signalés, seul le séquençage du génome entier d’une proportion plus élevée d’échantillons de tests d’acide nucléique peut nous permettre d’obtenir suffisamment de données pour représenter la situation épidémique réelle de la souche virale actuelle.

La nouvelle surveillance du génome du coronavirus dont nous avons besoin devrait non seulement pouvoir refléter la proportion des différentes souches virales actuellement répandues dans le pays, mais également avoir une certaine fonction prédictive. En se référant aux changements dans les nouvelles souches de coronavirus aux États-Unis résumés par le CDC américain [13], nous pouvons voir que BQ.1 et BQ.1.1 représentent actuellement la plus grande proportion aux États-Unis, mais XBB est également en augmentation, et sa proportion pourrait encore augmenter à l'avenir. BA.1, qui dominait auparavant le courant dominant, est déjà minoritaire et va continuer à décliner. Dans le même temps, BA.4.6 et BF.7 n'ont pas obtenu d'avantage dans la compétition avec BQ.1 et BQ.1.1. Ces informations nous aideront à déterminer la tendance future de l’épidémie et à décider quels médicaments seront affectés.

Évolution des souches du coronavirus aux États-Unis

Coexister avec le nouveau coronavirus n’est pas notre choix, mais une réalité inévitable. Mais la coexistence ne signifie pas que le nouveau coronavirus n’est plus un virus qui représente une menace pour notre santé. Après tout, la pathogénicité d’Omicron n’a fait que diminuer, il n’est pas devenu un probiotique. Par conséquent, sous de nombreux angles, tels que la compréhension de la tendance de l’épidémie, la formulation de plans de prévention et de contrôle correspondants et la facilitation des jugements d’auto-prévention, nous devons continuer à surveiller le nouveau coronavirus et être plus précis dans la publication des données pertinentes. De plus, compte tenu du taux de mutation extrêmement rapide du nouveau coronavirus, ce type de surveillance doit également avoir une certaine « profondeur » pour pouvoir détecter les changements dans la souche virale en temps opportun.

En bref, la coexistence avec la COVID-19 repose sur sa compréhension plutôt que sur son ignorance, et une surveillance continue et efficace de la COVID-19 est la pierre angulaire de cette compréhension.

Références

[1] https://www.covidvaccine.gov.hk/pdf/death_analysis.pdf

[2] https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/science/science-briefs/indicators-monitoring-community-levels.html

[3] https://www.chp.gov.hk/ratp/#

[4] https://www.sync.gov.sg/

[5] https://www.moh.gov.sg/covid-19/statistics

[6] https://covid.cdc.gov/covid-data-tracker/#wastewater-surveillance

[7] https://www.cdc.gov/healthywater/surveillance/wastewater-surveillance/wastewater-surveillance.html#how-wastewater-surveillance-works

[8] https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/science/science-briefs/indicators-monitoring-community-levels.html

[9] https://www.cdc.gov/vaccines/acip/meetings/downloads/slides-2022-09-01/07-COVID-Swanson-508.pdf

[10] http://wsjkw.hebei.gov.cn/html/zwyw/20221221/392832.html

[11] https://www.science.org/content/article/us-rushes-fill-void-viral-sequencing-worrisome-coronavirus-variants-spread

[12] https://www.cdph.ca.gov/Programs/CID/DCDC/Pages/COVID-19/COVID-Variants.aspx

[13] https://covid.cdc.gov/covid-data-tracker/#variant-proportions

Produit par : Science Popularization China

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