Frottis d'expectorations, culture d'expectorations, test de sensibilité aux médicaments, comment vérifier et tester une infection des voies respiratoires inférieures ?

Auteur : Lu Binghuai, médecin-chef de l'hôpital de l'amitié sino-japonaise

Réviseur : Xiao Dan, professeur à l'hôpital de l'amitié sino-japonaise

Pour les infections respiratoires, plus les échantillons prélevés pour examen en laboratoire sont proches de l’agent pathogène, plus les chances d’identifier l’agent pathogène sont grandes.

Par exemple, les prélèvements de gorge reflètent principalement l’état des voies respiratoires supérieures. Lorsque nous suspectons une infection par le virus de la grippe A, le virus de la grippe B, etc., nous pouvons effectuer un test par prélèvement de gorge.

Cependant, pour les infections des voies respiratoires inférieures, telles que les infections pulmonaires, un liquide de lavage broncho-alvéolaire (LBA) doit être prélevé. Cependant, le prélèvement de liquide de lavage broncho-alvéolaire peut être invasif et ne pas convenir aux patients ambulatoires ou à risque. Une expectoration profonde peut être utilisée à la place.

1. À quoi dois-je faire attention lors du prélèvement d’échantillons d’expectorations ?

Les expectorations, de par leur nature même, ne constituent pas un très bon échantillon. Étant donné que le processus de toux des échantillons d'expectorations est perturbé par la flore normale de l'oropharynx, ils peuvent contenir de nombreuses flores normales, ce qui peut confondre les véritables agents pathogènes.

Afin d’éviter cette confusion, il est généralement nécessaire de se rincer la bouche et de se brosser les dents avant de recueillir les expectorations. Grâce à cette opération, l’interférence avec la flore normale peut être minimisée autant que possible.

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Ensuite, nous devons tousser profondément pour produire du flegme. Les mucosités expulsées de l’intérieur peuvent mieux refléter la situation des agents pathogènes des voies respiratoires inférieures. Si nous toussons doucement, la plupart des mucosités expulsées proviennent des voies respiratoires supérieures et ne contiennent pas les véritables agents pathogènes des voies respiratoires inférieures. Parfois, la capacité du patient à cracher des mucosités est relativement faible et il ou elle a besoin de l'aide de ses proches ou de ses soignants pour lui tapoter doucement le dos afin de lui permettre de cracher plus facilement les mucosités au plus profond des voies respiratoires.

2. Comment sont réalisés le frottis d’expectorations, la culture d’expectorations et le test de sensibilité aux médicaments ?

Frottis d'expectorations :

Une fois l'échantillon d'expectorations collecté, un simple frottis est réalisé sur l'échantillon, puis une coloration de Gram ou une coloration acido-résistante est réalisée. Après coloration de Gram et grossissement 1000 fois au microscope, nous pouvons voir s'il y a des globules blancs et des agents pathogènes à l'intérieur. La coloration acido-résistante peut révéler Mycobacterium tuberculosis et les mycobactéries non tuberculeuses.

En termes simples, s’il y a très peu de globules blancs dans l’échantillon, cela signifie qu’il ne provient peut-être pas du site de l’infection des voies respiratoires inférieures ; si un grand nombre de cellules épithéliales sont observées, cela indique que l'échantillon provient des voies respiratoires supérieures ou de la cavité buccale.

En général, un échantillon d’expectorations contenant plus de 25 globules blancs/LP et moins de 10 cellules épithéliales/LP peut souvent être considéré comme un échantillon d’expectorations qualifié, et l’étape suivante sera d’identifier les agents pathogènes qu’il contient.

Culture des expectorations :

Le personnel du laboratoire inoculera des échantillons d’expectorations sur différents milieux de culture, permettant aux micro-organismes pathogènes qu’ils contiennent de se développer en colonies visibles dans des conditions appropriées.

Certaines bactéries se développent plus rapidement, comme Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii et d’autres bactéries courantes, dont la plupart peuvent se développer en 24 heures. Si plusieurs bactéries se développent en même temps, il est nécessaire d’isoler les colonies individuelles pour une inspection plus approfondie. Le laboratoire identifie les colonies cultivées, par exemple en utilisant des méthodes biochimiques ou la spectrométrie de masse, pour déterminer de quel type de bactéries il s'agit. Ensuite, un test de sensibilité aux médicaments est effectué pour détecter à quelle classe de médicaments antimicrobiens ces bactéries sont sensibles, ce qui peut être utilisé pour l'étape suivante du traitement. L'ensemble du processus prend environ 3 à 5 jours. Pour certaines bactéries à croissance rapide, le rapport d’inspection peut être obtenu en 2 à 4 jours.

Certains agents pathogènes se développent lentement, comme Aspergillus fumigatus, qui peut prendre 2 à 5 jours, tandis que Mycobacterium tuberculosis et Mycobacterium avium peuvent prendre 20 à 40 jours pour se développer. Ce n'est qu'après avoir observé les colonies qu'elles peuvent être identifiées et testées pour la sensibilité aux médicaments.

C'est pourquoi le délai de réception des rapports d'identification de culture et de test de sensibilité aux médicaments est incohérent lorsque nous effectuons différents tests.

Test de sensibilité aux médicaments :

Le test de sensibilité aux médicaments consiste à cultiver une bactérie et à penser qu'il s'agit d'un micro-organisme pathogène. Nous devons ensuite utiliser des tests in vitro pour déterminer à quels antibiotiques cette bactérie ou ce champignon est sensible.

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Bien entendu, tous les micro-organismes pathogènes détectés ne nécessitent pas de tests de sensibilité aux médicaments. Étant donné que certaines bactéries sont généralement sensibles à de nombreux antibiotiques, nous n’avons pas besoin de réaliser ce type de test de sensibilité aux médicaments en particulier. Il n’existe pas de méthodes standard pour tester la sensibilité aux médicaments de certaines bactéries, ou les conditions sont trop difficiles pour que les laboratoires puissent les réaliser. Ces bactéries ne fourniront pas de rapports de sensibilité aux médicaments, uniquement des résultats d’identification. Les cliniciens peuvent choisir des médicaments antimicrobiens en fonction de lignes directrices ou d’un consensus d’experts.

Dans la pratique clinique, la collecte d’échantillons d’expectorations pour frottis, culture d’expectorations et tests de sensibilité aux médicaments est la méthode la plus courante pour diagnostiquer l’étiologie des infections pulmonaires au département de médecine respiratoire. La collecte correcte d’échantillons d’expectorations, la réalisation active d’examens pertinents et la sélection rationnelle des médicaments appropriés sont des mesures clés pour favoriser la guérison rapide de la maladie.